Localizadas na parte nova do edifício, as Galerias da Amazónia são, desde 2006, uma reserva visitável onde se encontram objectos provenientes da Amazónia.

Nesta área estão cerca de 1800 objectos em vitrinas havendo apenas 6 objectos fora de vitrina e colocados sobre estrados.

Também nesta área a gestão das colecções respeita os princípios de conservação preventiva definidos pelo Museu, que orientam as acções tendo objectivos bem definidos.

No caso concreto desta reserva, cuja instalação é relativamente recente, foram equacionadas questões que não o tinham sido quando se procedeu à montagem das Galerias da Vida Rural. Podemos observar que os sistemas expositivos escolhidos são tão variáveis como nas Galerias da Vida Rural (objectos suspenso ou objectos em estrados, por exemplo) mas aqui estão mais protegidos de riscos como o vandalismo porque apenas 0,3% da colecção se encontra fora de vitrina. No entanto, as vitrinas são muito diferentes das utilizadas nas Galerias da Vida Rural e a sua maior complexidade acarreta riscos próprios.

Nesta área é realizada uma monitorização regular ao estado de conservação dos objectos e ao equipamento expositivo. Não são realizadas campanhas sistemáticas pois todos os objectos que se encontravam em mau estado de conservação foram alvo de tratamentos antes da sua colocação em reserva.