O Museu de Etnologia nasce tardiamente, se pensarmos num país que, como Portugal, teve sob administração colonial imensos territórios habitados por sociedades portadoras de uma riquíssima diversidade cultural. Ele surge, como mais um patamar, profundamente entrosado com as preocupações intelectuais e científicas de um grupo de antropólogos que, em Portugal, definiam novos caminhos para a disciplina, assim como novos campos e metodologias de pesquisa. Esta equipa, que tem como figura de referência Jorge Dias, inicia os seus trabalhos em 1947, com investigações sobre Portugal Continental e inaugura os terrenos africanos em 1957 com a criação da Missão das Minorias Étnicas do Ultramar Português e a pesquisa sobre os Makonde de Moçambique. É desta que parte a primeira constituição sistemática de uma colecção de objectos recolhidos no terreno por Jorge Dias e Margot Dias e cuja apresentação pública em Lisboa (1959) está na origem imediata do projecto de criação do Museu. Quando a missão organizadora do futuro museu é criada, em 1962, e, em 1965, o próprio Museu, procede-se a uma intensa actividade desenvolvida por esta equipa, da qual faziam igualmente parte Ernesto Veiga de Oliveira, Benjamim Pereira, António Carreira, Fernando Galhano e outros colaboradores, que teve como meta a reunião do máximo de objectos de interesse etnográfico e museológico das mais diversas procedências. Estes objectos vieram de acervos pertencentes a organismos do Estado; foram também adquiridos através de funcionários da administração colonial, em alguns casos com formação ou sensibilidade antropológica bastante para proceder à sua identificação e selecção segundo critérios de recolha estabelecidos a partir de Lisboa; assim como resultaram de campanhas, conduzidas por alguns dos elementos da equipa e por colaboradores que vieram a estar na origem de algumas das suas mais significativas colecções.
Tratou-se de um período febril de actividade motivada pelo sentido de urgência que visava reunir testemunhos da maior diversidade de povos e culturas, expressão esta que veio a ser o título dado à primeira grande exposição, num pavilhão tomado de empréstimo, realizada por esta equipa e pelo Museu (Povos e Culturas, 1972). As instalações deste foram mudando até que o edifício, construído de raiz, é inaugurado em 1976, com a exposição Modernismo e Arte Negro-Africana no âmbito da realização, em Lisboa, da reunião da Associação Internacional dos Críticos de Arte.

Percebe-se como aquele contexto de urgência obrigava a recorrer a diferentes soluções – compra, doação, transferência entre instituições, recolha – para a constituição do acervo do Museu e que, por isso mesmo, tantas vezes teve de prescindir da documentação e informação que tornassem mais sólido o seu conhecimento e maior o seu valor museológico. No entanto, quanto ao território continental português, a condução ininterrupta e sistemática da pesquisa no terreno permitiu a constituição de colecções de extrema importância para o conhecimento do país e para a solidez científica de uma instituição museológica. De facto, são estas que mais longe foram quanto às exigências metodológicas de investigação, com os objectos a serem identificados, inquiridos, seleccionados em função de um quadro amplo de representatividade, diversidade e singularidade em que vieram a ser inseridos e divulgados tanto nas exposições quanto nas monografias e catálogos publicados. Temos, assim, que o Museu Nacional de Etnologia, de algum modo rompendo com uma tradição europeia que diversificava os museus segundo a área geográfica da sua incidência (etnografia local, etnografia exótica), foi pensado pelos antropólogos que esboçaram a sua concepção inicial como espaço de representação da diversidade de culturas e sociedades em que conviviam o próximo e o distante, os objectos recolhidos em Portugal, no Sudeste Asiático, na Amazónia ou em África.

A investigação conduzida no âmbito do Museu Nacional de Etnologia é marcada pela articulação da disciplina que o funda, a antropologia, com a realidade de uma instituição que conserva, documenta e divulga os objectos à sua guarda. É no campo vasto da museologia etnológica que se definem linhas de pesquisa em torno do inventário e informatização das colecções, dos usos da imagem no museu, da constituição e programa de acção dos arquivos, da documentação no terreno de colecções pré-existentes, da constituição de novas colecções, e dos problemas conceptuais e metodológicos em torno da proposta e preparação das exposições temporárias. Sendo estas a dimensão mais presente junto dos públicos, são também elas sempre tomadas como campo de reflexão antropológica sobre as práticas museológicas. Do ponto de vista da sua organização interna, em relação a todos estes aspectos o museu apresenta-se como um espaço de formação em que se combinam estágios de iniciação à investigação, para nacionais e estrangeiros, acolhimento de investigadores visitantes e projectos articulados com instituições museológicas ou de ensino.
A história do Museu Nacional de Etnologia é indissociável da história da antropologia em Portugal e uma parte importante das suas realizações é expressa no vasto conjunto de publicações que tem promovido.