O logótipo atualmente em uso pelo museu consiste numa atualização gráfica do logótipo da autoria de Henrique Cayatte (1957 -). Este logótipo foi concebido em finais de 1933, no âmbito de uma intervenção mais ampla, estruturada na requalificação dos espaços de acolhimento do público e de revisão geral da sinalética interior do edifício do museu, com vista à participação do museu na “Lisboa – Capital Europeia da Cultura ’94”.