A preocupação com a conservação preventiva teve início com o próprio Museu e esteve presente ainda durante a fase de planeamento do edifício. Foi então definido que as reservas seriam mantidas a 50% de humidade relativa e a 20ºC de temperatura através de um sistema de climatização. Outro factor ponderado foi, por exemplo, a tipologia de vitrinas e armários a utilizar para colocação dos objectos pois pretendia-se que as reservas fossem visitáveis e que permitissem trabalhos de investigação.

Actualmente os princípios de actuação estão definidos no Plano de Conservação Preventiva sendo revistos e actualizados periodicamente.

O Plano caracteriza o edifício, o acervo e os recursos do Museu incluindo as actividades que requerem o acesso ao acervo como sejam as exposições, empréstimos, ou as que implicam a circulação de bens culturais ou a presença do público junto das colecções.

O Plano de conservação preventiva inclui ainda uma análise de riscos e um conjunto de normas e procedimentos que adequam a actuação do Museu para cada caso específico.

Do conjunto de normas e procedimentos, para além das questões previstas no Plano de segurança, fazem parte as várias monitorizações, o controlo ambiental e biológico, a manutenção de equipamentos e de sistemas de exposição e reserva, a limpeza dos espaços e as várias acções relacionadas com a manutenção do acervo.

Destacando algumas das normas e procedimentos mais relevantes podemos referir que actualmente o Museu tem definidos valores desejáveis para a boa preservação do acervo que se situam nos 55% de humidade relativa (com variações de ±5% desde que ocorram num período superior a 24 horas) e nos 20ºC de temperatura (com variações de ±5ºC). Os valores de humidade relativa e temperatura são monitorizados praticamente desde que as colecções entraram no edifício.

Estão também definidos os níveis de incidência de radiações (luz visível e invisível) nos objectos.
Existe um plano de controlo integrado de infestações a funcionar desde 2002 que tem como objectivo impedir o acesso de insectos e roedores ao acervo do Museu. Nesse sentido, são distribuídas várias armadilhas no edifício, colocadas em locais definidos, para que a captura de insectos permita o conhecimento das espécies presentes, o seu número, estágio de crescimento e as suas rotas de deslocação preferenciais. Das várias acções previstas pelo plano de controlo integrado de infestações estão em prática:
· manutenção da área circundante, incluindo a limpeza cuidada e frequente do jardim exterior do Museu;
· manutenção do edifício, incluindo a limpeza cuidada e frequente de todas as áreas;
· monitorização regular e frequente do estado de conservação dos objectos em reserva e exposição com vista à identificação de situações de infestação;
· regras para novas incorporações ou para situações de circulação exterior de objectos que incluem a verificação do estado de conservação dos objectos e a colocação em quarentena quando necessário;
· desinfestação imediata de objectos com ataque biológico activo;
· proibição de objectos pessoais, incluindo roupa, malas e casacos nas áreas de reserva e exposição;
· proibição de comer e beber nas áreas de reserva ou exposição e
· sensibilização e participação de toda a equipa para o controlo integrado de infestações.

Relativamente às exposições é de referir que em todos os casos é feito um relatório de montagem e é assegurada uma monitorização.
Também nas áreas de reserva existem várias monitorizações e a presença de público e de investigadores externos encontra-se regulamentada.
Para garantir a boa manutenção do acervo são realizadas várias acções:
· estabelecimento de normas, procedimentos e outros documentos de apoio e avaliação;
· estabelecimento de prioridade de acção e critérios de actuação;
· campanhas sistemáticas de limpeza, tratamentos de conservação e melhoria das condições de reserva e
· monitorização de todas as áreas de reserva e exposição.

Todas as actividades da Área de Conservação e Restauro são avaliadas periodicamente para garantir a sua adequação e verificar se os resultados obtidos estão de acordo com os objectivos estabelecidos inicialmente.