O MNE colabora frequentemente com outras instituições museológicas, nacionais e estrangeiras, emprestando objectos do seu acervo.Nestas situações o MNE segue um conjunto de regulamentos que têm como objectivo o controlo de condições de exposição e de circulação para garantir a ausência de factores de degradação capazes de afectar os objectos.Na maioria dos casos os empréstimos são acompanhados por um(a) courier que se encontra presente em todas as fases de cada processo: verificação do estado de conservação dos objectos, embalagem, transporte, desembalagem e instalação em exposição.Depois de instalada a exposição o MNE mantém-se em contacto com a entidade organizadora recebendo regularmente os resultados das monitorizações às condições de exposição.

Desde que entrou em funcionamento, o MNE colaborou com o empréstimo de objectos para 80 exposições. Destes empréstimos 51 foram para Portugal enquanto que 29 foram para o estrangeiro, sobretudo para países europeus. Fora da Europa foram realizados 3 empréstimos para os Estados Unidos da América, 2 para o Brasil, 1 para a Indonésia, 1 para Marrocos e 1 para o Japão.

Nos últimos cinco anos foram emprestados 175 objectos (representando 0,5% do acervo total) para 16 exposições, das quais 10 foram em Portugal e 6 no estrangeiro (Europa).

As estatísticas apresentadas relativamente aos últimos 5 anos não podem ser consideradas representativas da situação geral. Por exemplo, no empréstimo realizado para a exposição In the Presence of Spirits: African Art from the National Museum of Ethnology, Lisbon, que itinerou pelos Estados Unidos da América durante quase dois anos (de Setembro de 2000 a Janeiro de 2002) estiveram presentes 141 objectos do acervo do MNE constituindo estes a totalidade da exposição.

Como se pode verificar os pedidos de empréstimo, assim como as suas características e a quantidade de objectos solicitados, são muito variáveis em cada ano.