A maior área de reserva do Museu, hoje designada informalmente como Reservas Internacionais, era onde se encontrava a totalidade do acervo na altura da sua abertura ao público. À medida que se foram constituindo novas reservas as colecções foram sendo distribuídas por esses espaços e nas Reservas Internacionais encontram-se, actualmente, colecções provenientes de África, Portugal e Ásia.

Nesta área estão cerca de 24.615 objectos (12.450 objectos africanos, 6.674 objectos portugueses, 4.022 objectos asiáticos e 1.469 têxteis de diversas proveniências). Os sistemas expositivos e as vitrinas são as que foram planeadas pela equipa inicial do Museu.

Esta área é extremamente vasta, quando comparado o número de objectos que alberga com o das outras áreas, e de gestão mais complexa, continuando-se o Museu a reger pelas normas estipuladas no seu plano de conservação preventiva.

Para além das monitorizações ao estado de conservação dos objectos e sistemas expositivos, várias acções e campanhas sistemáticas aqui têm sido desenvolvidas. A primeira, uma campanha de limpeza, iniciada logo após os trabalhos de ampliação e beneficiação do edifício e terminada em 2004, permitiu o conhecimento concreto do estado de conservação de cada objecto individualmente, o que por sua vez levou às primeiras reflexões sobre a gestão do acervo pela actual equipa do Museu. Daqui surgiu a definição das primeiras prioridades de actuação bem como de normas e procedimentos de trabalho que a Área de Conservação e Restauro segue.

Nesta área foram iniciadas, e são continuadas actualmente, várias campanhas que visam a melhoria das condições de reserva (limpeza, tratamentos, realização ou melhoria de suportes…).

As Reservas Internacionais não estão abertas ao público mas excepcionalmente podem ser visitadas por investigadores externos e estudantes de antropologia, museologia ou conservação e restauro. Estas visitas são alvo de regulamentos específicos

A mais recente área de reserva do Museu, designada provisoriamente como Reservas Novas, encontra-se actualmente numa fase de instalação de colecções, onde se inclui parte do acervo proveniente do Museu de Arte Popular que foi passado para o MNE em 2007. Aqui estão em reserva cerca de 5000 objectos. Esta área também está incluída nas acções de gestão e manutenção do acervo previstas no Plano de Conservação Preventiva.